台湾鱼豆腐加工包括采肉、绞肉、制浆、成型等步骤，每步都可以配合相应的设备来完成。加工步骤主要有以下几步：
1, 采肉：是指从鱼中取出肉来作为加工基本料。鱼肉分为淡水鱼和海水鱼两种，淡水鱼需要进行前期采肉工序，该过程既可以完全用手工来完成，也可以使用手工配合采肉脱刺机来成。如果是全手工采肉，需把内脏去除，再把鱼肉连同小刺通过绞肉机完全绞碎，此方法是目前最常用的；如果是手工配合采肉机来采肉，需先去除内脏，再把鱼切块放入采肉机中，采肉机可以把大小刺完全去除，并把鱼皮脱离，从而极大提高了工作效率，也可以提高产品质量，适用于产量或质量要求较高的客户。如若采用新鲜大块的海水鱼肉或经加工的冷冻鱼糜，即可省去采肉这道工序，直接使用。
2, 绞肉：是把手工采出来的鱼肉及所需辅料进行粉碎，如果已通过采肉机进行采肉，则可不需再绞肉。该设备是必备的，属于专用的特制设备，不能以市面上用于绞猪肉的小型机器来取代。另外，目前市面上有一种名为鱼糜机的，将绞肉和打浆功能集为一体，实际上这是一种极落后的品种，设备易坏难修，且制作效率低，故不建议使用。
3, 制浆：也叫打浆、搅拌或擂溃，是加工过程中最为关键的步骤，其操作过程的正确与否，将决定成品的最终品质。该步骤是将绞碎后的鱼肉与辅料进行充分搅拌成浆状，使鱼肉纤维能有效与淀粉结合，从而产生一定的弹性和口感。该过程需要由高速制浆机来完成。由于制浆过程中会产生大量的热量，因此标准的制浆机必须是双缸的，才能使热量得以释放。但目前北京、湘潭、武汉等地的大多数鱼品加盟推广商使用的均为单缸的小型低速搅拌机，使用极为不便；更有些地方，使用拌馅机来替代制浆机，这完全是滥竽充数，无法真正做出美味的产品来。
4, 铺盘成型：将打制好的肉浆铺入托盘中，再放入蒸汽式蒸车中，加温蒸熟，即可出锅。
目前，市场上也有一种类似的产品叫鱼糕，原产地为湖北荆州，其制作原材料与鱼豆腐基本相同，但工艺不相同，其通过手工来加工，生产量极低，技术难度较大，难以批量生产和拓展市场。很多人把这两种产品混淆在一起，实际上，两者本质上是不同的产品。
